في مناقضات القرآن، وأجاب مشكلات مسائل الجاثليق حتى أسلم. أبو بكر بن مردويه في كتابه عن سفيان أنه قال: ما حاج علي أحدا إلا حجه.
أبو بكر الشيرازي في كتابه عن مالك عن أنس عن ابن شهاب، وأبو يوسف يعقوب بن سفيان في تفسيره، وأحمد بن حنبل وأبو يعلي في مسنديهما قال ابن شهاب أخبرني علي بن الحسين ان أباه الحسين بن علي أخبره ان علي بن أبي طالب أخبره ان النبي طرقه وفاطمة بنت رسول الله فقال ألا تصلون؟ فقلت: يا رسول الله إنما أنفسنا بيد الله فإذا شاء أن يبعثنا - أي يكثر اللطف بنا - فانصرف حين قلت ذلك ولم يرجع إلي ثم سمعته وهو مول يضرب فخذيه يقول: وكان الانسان يعني علي بن أبي طالب أكثر شئ جدلا - يعني متكلما بالحق والصدق -.
وقال لرأس الجالوت لما قال له: لم تلبثوا بعد نبيكم إلا ثلاثين سنة حتى ضرب بعضكم وجه بعض بالسيف، فقال (ع): وأنتم لم تجف أقدامكم من ماء البحر حتى قلتم لموسى اجعل لنا إلها كما لهم آلهة.
وأرسل إليه أهل البصرة كليبا الجرمي بعد يوم الجمل ليزيل الشبهة عنهم في أمره فذكر له ما علم أنه على الحق ثم قال له بايع فقال إني رسول القوم فلا احدث حدثا حتى ارجع إليهم، فقال: أرأيت لو أن الذين ولوك بعثوك رائدا تبتغي لهم مساقط الغيث فرجعت إليهم فأخبرتهم عن الكلأ والماء، قال: فامدد إذا يدك، قال كليب: فوالله ما استطعت أن أمتنع عند قيام الحجة علي فبايعته.
وقوله (ع): أول معرفة الله توحيده وأصل توحيده نفي الصفات عنه، إلى آخر الخبر، وما أطنب المتكلمون في الأصول إنما هو زيادة لتلك الجمل وشرح لتلك الأصول، فالامامية يرجعون إلى الصادق وهو إلى آبائه والمعتزلة والزيدية يرويه لهم القاضي عبد الجبار بن أحمد عن أبي عبد الله الحسين البصري وأبي إسحاق عباس عن أبي هاشم الجبائي عن أبيه أبي علي عن أبي يعقوب الشحام عن أبي الهذيل العلاف عن أبي عثمان الطويل عن واصل بن عطا عن أبي هاشم عبد الله بن محمد بن علي عن أبيه محمد بن الحنفية عنه عليه السلام، قال الوراق القمي:
علي لهذا الناس قد بين الذي * هم اختلفوا فيه ولم يتوهم علي أعاش الدين وفاه حقه * ولو لاه ما أفضى إلى عشر درهم ومنهم النحاة وهو واضع النحو لأنهم يروونه عن الخليل بن أحمد بن عيسى بن