جملة من كراماته عليه السلام منها ما رواه جماعة من أعلام القوم:
منهم العلامة الشيخ يسين بن إبراهيم السنهوتي الشافعي في " الأنوار القدسية " (ص 38 ط السعادة بمصر) قال:
ومن بديع كراماته (موسى بن جعفر " ع ") ما حكاه ابن الجوزي والرامهرمزي عن شقيق البلخي أنه خرج حاجا فرآه بالقادسية منفردا عن الناس، فقال في نفسه: هذا فتى من الصوفية يريد أن يكون كلا على الناس لأوبخنه، فمضى إليه فقال: يا شقيق اجتنبوا كثيرا من الظن إن بعض الظن إثم. فأراد أن يعانقه فغاب عن عينه، ثم رآه بعد على بئر فسقطت ركوته فيها فدعا فطف الماء حتى أخذها فتوضأ وصلى. ثم مال إلى كثيب من الرمل فطر ح منه فيها وشرب. فقلت له:
أطعمني مما رزقك الله. فقال: يا شقيق لم تزل أنعم الله علينا ظاهرة وباطنة فأحسن ظنك بربك. فناولنيها فشربت فإذا هو سويق وسكر، فأقمت أياما لا أشتهي شرابا ولا طعاما. ثم لم أره إلا بمكة وهو بغلمانه وغاشيته، ولما أتى هارون الرشيد قبر