نسخ (الفوائد الحائرية):
اعتمدنا على مخطوطتين من مجموعة المخطوطات الكثيرة المتواجدة في ثلاث مكتبات في قم وطهران:
المخطوطة الأولى وهي الأحسن نسخا والأقل أخطأ، مستنسخها محمد بن رضا بن أبي القاسم عام 1241 - 1261، وفي نهايتها تصريح بالمقابلة بواسطة محمد حسن بن الحاج علي عام 1270. وهي موجودة في مخطوطات مكتبة المسجد الأعظم التي أسسها آية الله العظمى السيد البروجردي قدس سره، ورمزنا لها ب (ف).
والمخطوطة الثانية هي إحدى مخطوطات الفوائد الحائرية في مكتبة آية الله العظمى السيد المرعشي النجفي قدس سره وتاريخ استنساخها 1242، وهي أردأ خطا وأكثر أخطأ، ورمزنا لها ب (م).
وهناك نسخة ثالثة مطبوعة للفريد الگلپايگاني، استفيد منها أيضا في بعض الموارد بشكل نادر.
منهجنا في التحقيق: ويتلخص في ما يلي:
1 - الاستنساخ وتقطيع النص.
2 - تقويم النص. وقد حذفنا عند اختلاف النسخ الموارد المقطوع بخطأها وأبقينا كل مورد يحتمل فيه الصحة، وقدمنا الأنسب للعبارة أو الأصح وأثبتناه في المتن وجعلنا الثاني في الهامش.
3 - استخراج الآيات والأحاديث وأقوال الفقهاء من مصادرها.