ويحتمل أنه درس، لكن أحمد بن عبدون المتولد في سنة ثلاث وثلاثين وثلاثمائة قد حكى لهما أنه رآه، وعليه لوح مكتوب فيه اسمه واسم أبيه، كما تقدم ذلك في " الفهرست ".
ويبدو ظهور قبره بعد زمان الطوسي، بأن في زمن الشيخ توالت فتن عديدة على بغداد، ذهب ضحيتها جماعة كبيرة من علماء الشيعة، كما أحرقت دور ومكتبات ودكاكين، وفي أحد الفتنة، أي عام 448 ه‍ هرب فيها الشيخ الطوسي إلى النجف على أثر الفتن الكبرى التي عمت بغداد، وعلى هذا فالقبر الذي ذكروه أنه بباب الكوفة هو أحد محلات بغداد القديمة. وقد ذكر الخطيب البغدادي في تاريخه أن لبغداد الغربية أربع أبواب جعلها المنصور لما بنى المدينة، فالأبواب هي:
1 - باب الكوفة، وهذه ترد منها قوافل الكوفة والحجاز.
2 - وباب البصرة، وهذه ترد منها قوافلها.
3 - وباب الشام، وهذه ترد منها قوافل الشام وما جاورها.
4 - وباب خراسان، وهذه ترد منها قوافل خراسان وبلاد فارس.
وبهذه الأبواب كانت تسمى محلاتها.
فليس غريبا لو قلنا: إن الاضطرابات السياسية وظهور الفتن جعلت قبر الشيخ يندرس، لكن لفترة من الزمن ثم ظهر بعد حين، وهذا لا إشكال فيه أنه كرامة للكليني قدس سره، وقبره اليوم معروف، ويزوره العامة والخاصة، أما تاريخ ظهور القبر فلم يزل مجهولا.