الدين محمد بن محمد الموسوي في المشهد الكاظمي في سبب تسمية السيد المرتضى بعلم الهدى أنه مرض الوزير أبو سعيد محمد بن الحسين بن عبد الصمد في سنة عشرين وأربعمائة، فرأى في منامه أمير المؤمنين علي بن أبي طالب عليه السلام وهو يقول له: قل لعلم الهدى يقرأ عليك حتى تبرأ، فقال يا أمير المؤمنين ومن علم الهدى؟
فقال: علي بن الحسين الموسوي.
فكتب إليه الوزير بذلك، فقال المرتضى رضي الله عنه برضا الله في أمري، فان قبولي لهذا اللقب شناعة علي، فقال الوزير: ما كتبت إليك الا بما لقبك به جدك أمير المؤمنين علي عليه السلام، فعلم القادر الخليفة بذلك، فكتب إلى المرتضى: تقبل يا علي بن الحسين ما لقبك به جدك، فقبل وسمع الناس.
وكان نحيف الجسم حسن الصورة، وكان يدرس في علوم كثيرة ويجري على تلامذته رزقا وكان للشيخ الطوسي أيام قراءته عليه كل شهر اثنا عشر دينارا، وللقاضي ابن البراج كل شهر ثمانية دنانير.
وأصاب الناس في بعض السنين قحط شديد، فاحتال رجل يهودي على تحصيل قوت يحفظ به نفسه، فحضر يوما مجلس المرتضى واستأذنه أن يقرأ عليه شيئا من علم النجوم، فأذن له وأمر له بجائزة تجري عليه كل يوم، فقرأ عليه برهة ثم أسلم على يده.
وكان قد وقف قرية على كاغذ الفقهاء، وكان يلقب بالثمانيني، لأنه أحرز من كل شئ ثمانين، حتى أنه كان عمره ثمانين سنة وثمانية أشهر. وتولى نقابة النقباء وامارة الحاج والمظالم بعد أخيه الرضي أبي الحسن، وهو منصب والدهما.
وذكر أبو القاسم بن الفهد الهاشمي في تاريخ اتحاف الورى بأخبار أم القرى في حوادث سنة تسع وثمانين وثلاثمائة، قال: فيها حج الشريفان المرتضى والرضي، فاعتقلهما في أثناء الطريق ابن الجراح الطائي، فأعطياه تسعة آلاف دينار من أموالهما.
وللشريف المرتضى مصنفات كثيرة، وديوان شعر يزيد على عشرين ألف