وافته المنية، وبقي الحال على ما هو عليه حتى تقدم مصطفى بك العناني لشراء الأرض التي كان اشتراها عباس باشا، وعمرها لنفسه وأقام عليها فنادق وخانات وبنايات لحسابه. ويقال أنه اكتشف كنزا خلف قبة المشهد الحسيني.
وفي سنة 1199 ميلادية أمر الخديوي إسماعيل باشا بتجديد الجامع وتوسعته، وكلف على مبارك باشا برسم التصور المعماري لتجديد الجامع بحيث يتسع لاستقبال أحباء ومريدي الإمام الحسين رضى الله عنه، وكلف الأمير راتب باشا ناظر ديوان الأوقاف المصرية أن يشرف بنفسه على تنفيذ إنشاءات الجامع الجديدة التي صممها على باشا مبارك، وفي إطار هذا التجديد هدم كل الجامع ما عدا القبة والضريح الشريف. وبدأت الإنشاءات في سنة 1282 هجرية وانتهت في 1290 هجرية بالشكل الذي سبق وصفه ومن العناصر التي تخلفت من المشهد القديم حتى الآن:
الباب المعروف باسم الباب الأخضر، ومبني من الحجر وعلى يساره دائرة مفرغة بزخارف، وتعلوه بقايا شرفة جميلة. كما تخلف من المنارة الأيوبية التي أنشأها فوق هذا الباب أبو القاسم السكري، القسم الأسفل منها وهو المربع الذي يحتوى على زخارف جصية نادرة وعلى تاريخ الإنشاء.
أما التابوت الخشبي فهو أيوبي الطراز ويعتبر تحفة نادرة تمثل طراز الحفر على الخشب في عصر الأيوبيين في مصر وهو محفوظ حاليا بمتحف الفن الإسلامي بالقاهرة. وهناك الحجرة التي شيدت عام 1893 ميلادية لتحتوي على الآثار النبوية، وهي مجاورة للقبة من الجهة القبلية وتشمل من الآثار النبوية الشريفة على قطعة من قميصه الشريف، ومكحلة، وقطعة من العصا