وأصبح مرجعا وزعيما دينيا تمكن من الإصلاح والهداية ونشر المعارف.
بما أن استقر به المقام حتى بدأ يعمل ويخطط لأمته كأي مصلح عظيم، ويرعى الجانب العلمي، كما دعم الجانب الاجتماعي والسياسي وكانت له مواقف مشهودة سجلها التاريخ بكل إكبار وتقدير.
ففي الجانب العلمي: نظم السيد - رحمه الله - في " صور " الدراسة العلمية وهذبها من كل ما يعرقل سيرها، ثم كان على اتصال مستمر بالبحث والمطالعة والكتابة والمناظرة، وكانت حصيلة تلك الجهود العلمية مجموعة كبيرة من المؤلفات القيمة.
وقام كذلك بفتح مدارس علمية ليوفر عدد طلاب العلوم الدينية ويشجعهم على الاستمرار العلمي، ووضع نواة لكلية جعفرية، تولى العناية بها من بعده ولده العلامة السيد جعفر شرف الدين.
أما في الجانب السياسي والاجتماعي: فقد كان السيد - رحمه الله - مثال القائد المصلح الذي يحاول أن يبني لأمته كيانا، فكانت له مواقف خالدة ضد الاستعمار الأجنبي في العهد التركي والعهد الفرنسي وذلك لإقامة العدل، ولصموده واستقامته حاولوا اغتياله بيد أحد المرتزقة يعرف ب‍ " ابن الحلاج "، ولكن الله تعالى كف أيديهم عنه لكن بقيت مؤامراتهم متصلة إلى أن أدت إلى تشريد السيد بأهله وذويه نحو دمشق وترك مكتبته العامرة تحترق بيد الجيش الفرنسي.
أسفاره:
ولم يدم بقاء السيد طويلا في دمشق، فقد ضاق الفرنسيون به ذرعا، إذ