منهجية التحقيق:
من البديهي جدا ان نعتمد النسخة المحفوظة في مكتبة جامعة طهران (د) أصلا أوليا للكتاب، باعتبار قدم النسخة، وكونها كتبت في حياة المؤلف من جهة أخرى، حيث تمت معارضة النسخ الثلاث بعضها مع الآخر، وتثبيت اختلافاتها، قام بهذه المهمة الاخوة الأماجد: عبد الرضا كاظم والسيد مظفر الرضوي والسيد عبد الأمير الشرع.
وبعد ذلك بدأت مرحلة تخريج الأحاديث والنصوص الموجودة في الكتاب وعزوها إلى مصادرها الأولية مع مقابلة تلك النصوص مع المصادر، وتثبيت اختلافاتها، فسعينا جهد الامكان، الا نترك رواية أو نصا الا وخرجناه، نستثني من ذلك ما واجهنا من المصادر المفقودة التي نقل عنها السيد ابن طاووس ك‍ " فضل الدعاء " لسعد بن عبد الله الأشعري، و " الدلائل " للحميري، وقد قام بهذه المهمة الاخوة الأماجد: عزيز الخفاف وجواد التوسلي.
ومن ثم بدأت عملية تقويم نص الكتاب، وهي السعي لتثبيت نص الكتاب أقرب ما يكون لما تركه المؤلف، وذلك بالاستفادة من مقابلة النسخ الخطية، واختلافات النصوص مع المصادر ان وجدت، يتبع ذلك تخريج الألفاظ الصعبة من المصادر اللغوية، وضبط أسماء الأمراض والأدوية مع توضيح موجز لها، وقد قام بهذه المهمة: الأستاذ الفاضل المحقق أسد مولوي.
وبعد هذه المراحل بدأت عملية صياغة هوامش الكتاب، بالاستفادة من كل ما تقدم في المراحل الآنفة الذكر، وقد قام بهذه المهمة صاحب الفضيلة السيد مصطفى الحيدري.
ويعقب كل هذه المراحل، الملاحظة النهائية، حيث تتم مراجعة الكتاب متنا وهامشا للتأكيد من سلامتهما، وتكون هذه المرحلة بمثابة حلقة وصل بين اللجان المتفرقة للتثبت من سير العمل على وتيرة معينة ونسق واحد وكانت على كاهل الأخ الفاضل المحقق حامد الخفاف مسؤول لجنة تحقيق مصادر بحار الأنوار.