كتب منها: كتاب الحقوق، كتاب الأوائل، كتاب السماء، كتاب الأرض، كتاب المساحة والبلدان، كتاب إبليس وجنوده، كتاب الاحتجاج، أخبرنا أبو عبد الله بن شاذان القزويني، قال: حدثنا علي بن حاتم، قال: قال محمد بن عبد الله بن جعفر: كان السبب في تصنيفي هذه الكتب أني تفقدت فهرست كتب المساحة التي صنفها أحمد بن أبي عبد الله البرقي، ونسختها، ورويتها عمن رواها عنه، وسقطت هذه الستة الكتب عني، فلم أجد لها نسخة، فسألت إخواننا بقم وبغداد والري فلم أجدها عند أحد منهم، فرجعت إلى الأصول والمصنفات فأخرجتها وألزمت كل حديث منها كتابه وبابه الذي شاكله (1)، انتهى.
وهذه الكتب كلها داخلة في جملة كتب المحاسن، كما أن كتاب رجاله الموجود أيضا منها، وعندنا منه نسخة، ولم يصل إلينا من المحاسن إلا ثلاثة عشر كتابا منه، والباقي ذهب فيما ذهب، ولو وجد لوجد فيه علم كثير.
قال (رحمه الله) في أول المحاسن كما في السرائر: أما بعد فان خير الأمور أصلحها وأحمدها وأنجحها، وأسلمها أقومها، وأنشدها أعمها خيرا "، وأفضلها أدومها نفعا، وإن قطب المحاسن الدين، وعماد الدين اليقين والقول الرضي والعمل الزكي، ولم نجد في وثيقة المعقول وحقيقة المحصول عند المناقشة والمباحثة لدى المقايسة والموازنة خصلة لا تكون أجمع لفضائل الدين والدنيا، ولا أشد تصفية لاقذاء العقل، ولا أقمع لخواطر الجهل، ولا أدعى إلى اقتناء كل محمود ونفي كل مذموم من العلم بالدين، وكيف لا يكون ذلك كذلك ما من الله عز وجل سببه، ورسول الله (صلى الله عليه وآله) مستودعه ومعدنه، وأولوا النهى تراجمته وحملته، وما ظنك بشئ الصدق خلته، والذكاء والفهم