وأما منهجه (قدس سره) في هذا الكتاب، فهو أنه يبدأ الموضوع في كل مسألة بشكل مستوعب ويطرح حوله آراء الأعلام الذين يعتنى بأقوالهم وأفكارهم (1) ثم يناقشها بالنقض والإبرام، ثم يشرع في التعليق على بعض عبائر المعالم.
ثم إنه (قدس سره) أورد فيها بعض ما لم يأت بها صاحب المعالم (رحمه الله) من المسائل الأصولية كما نبه عليه في مقدمة الكتاب بقوله: " غير أني أضفت إلى ما احتواه من المسائل ما كان المصنف قد تركه وكثيرا من مبادئه التي قد أهملها... الخ ".
وبذلك صار هذا السفر الجليل موسوعة كبيرة أصولية، التي لم يعمل بمثلها في عالم المصنفات، جامعا جهتي التفصيل والتحقيق، ولذا أحال إليها كثيرا في حاشية القوانين بقوله: " فصلناه في التعليقة " أو " حققناه في التعليقة " وأمثال ذلك من العبارات.
3 - رسالة في تحقيق حقيقة المفرد المحلى باللام.
4 - رسالة في أقسام الواجب وأحكامها.
5 - رسالة في تداخل الأسباب والمسببات.
6 - رسالة في قاعدة نفي الضرر والضرار، وقد أحال إليها في مبحث البراءة