ولد في شهر رمضان سنة خمس وثمانين وثلاثمائة، وقدم العراق في شهور سنة ثمان وأربعمائة، وتوفي ليلة الاثنين الثاني والعشرين من المحرم سنة ستين وأربعمائة في المشهد الغروي على ساكنه السلام ودفن بداره.
قال الحسن بن مهدي السليقي: توليت أنا والشيخ أبو محمد الحسن بن عبد الواحد بن زربي، والشيخ أبو الحسن اللؤلؤي غسله في تلك الليلة ودفنه. وكان يقول أولا بالوعيد ثم رجع وهاجر إلى مشهد أمير المؤمنين عليه السلام خوفا من الفتن التي تجدد ببغداد، وأحرقت كتبه وكرسي كان يجلس عليه للكلام (1).
ونقل عن كتابي حياة القلوب (2) ومجالس المؤمنين أن بعض المعاندين من المخالفين عرضوا على الخليفة العباسي أن الشيخ سب الصحابة في كتابه الموسوم بالمصباح في دعاء يوم عاشوراء منه، فأمر الخليفة باحضاره مع الكتاب المذكور، ولما حضر استفسر منه الامر.
فأنكر الشيخ، ففتح بعض كتاب الخليفة وأراه العبارة " اللهم خص أنت أول ظالم باللعن مني، وابدء به أولا ثم الثاني ثم الثالث ثم الرابع، اللهم اللعن يزيد بن معاوية خامسا "، فقال الشيخ بديهة: يا أمير المؤمنين ليس المراد ما عرض به المعاندون، بل المراد بأول ظالم قابيل قاتل هابيل، وهو الذي بدأ بالقتل في بني آدم وسنه، والمراد بالثاني عاقر ناقة صالح النبي عليه السلام واسمه قيدار بن سالف. وبالثالث قاتل يحيى بن زكريا. وبالرابع عبد الرحمن بن ملجم قاتل علي بن أبي طالب عليه السلام فلما سمع الخليفة بيانه رفع شأنه واكرامه. وزاد في الثاني: انتقم ممن سعى به.
وقال شيخنا يوسف: وجدت بخط من يعتمد عليه في آخر كتاب العدة للشيخ رضي الله عنه ما صورته: ولد الشيخ أبو جعفر محمد بن الحسن الطوسي مصنف هذا الكتاب سنة خمس وثمانين وثلاثمائة، وقدم العراق سنة ثمان وأربعمائة، وتوفي في المشهد