حتى أنه قيل: ألف في جملة من المسائل في مقابلة رسائل الشيخ ردا عليه ونقضا لما ذكر، منها مسألة حل الخراج كما هو المشهور، فان الشيخ علي صنف في حله رسالة، سماها قاطعة اللجاج في حل الخراج، فصنف الشيخ إبراهيم في حرمته رسالة، سماها سراج الوهاج لدفع لجاج قاطعة اللجاج، واقتفى أثره في هذه المسألة المحقق الأردبيلي في شرح الارشاد، وصنف رسالة في حرمة الجمعة زمان الغيبة مطلقا ردا عليه في رسالته التي ألفها في وجوبها بشرط الفقيه الجامع للشرائط. وصنف القول بالمنزلة في الرضاع ردا عليه في رسالته التي ألفها في بطلان القول بالتنزيل، وهي عندي حاضرة.
وعن بعض الأفاضل (1) قد سمعنا من المشايخ أنه كان رحمة الله عليه بمشهد الحسين عليه السلام والمشهد الغروي على مشرفهما أفضل الصلاة والسلام، واتفق ورود الشيخ المذكور هناك، واجتمعا خلف القبر المبارك في الرواق، وكان السلطان شاه طهماسب قد أرسل في تلك الأوقات للشيخ إبراهيم المذكور جائزة وردها الشيخ واعتذر عن ذلك بأنه لا حاجه لي في أخذها.
فقال له المحقق الثاني رادا عليه بأنك أخطأت في ذلك، وارتكبت: اما مخطورا أو مكروها، واستدل على ذلك بأن مولانا الحسن بن علي عليهما السلام قد قبل جوائز معاوية ومتابعيه، والتأسي به اما واجب أو مندوب، وتركه اما حرام أو مكروه، كما تحقق في الأصول، وهذا السلطان لم يكن أنقص درجة عن معاوية، وأنت لم تكن أعلى مرتبة من الحسن عليه السلام. فأجاب الشيخ بجواب اقناعي (2).
قال شيخنا يوسف البحراني: وقد وقعت بيدي رسالة من رسائله سماها بالرسالة الحائرية في تحقيق المسألة النصرية (3) قد ذكر في صدر الرسالة المذكورة ما اتفق له مع الشيخ علي رحمه الله في سفره معه للمشهد المقدس الرضوي اجمالا من المسائل التي نسبه فيها إلى الخطأ.