وولد له عبيد الله، وأبو بكر، قال هشام بن الكلبي: وقد قتلا بكربلاء أيضا، ويحيى، ومحمد الأصغر، وعمر، ورقية، ومحمد الأوسط.
أما ابنه محمد الأكبر فهو المشهور بابن الحنفية، وقد كان من سادات المسلمين، وكان شجاعا أيدا، فصيحا عالما بالكتاب والسنة، وكان يفضل أبا بكر وعمر ويثني على عثمان رضي الله عنه، مات بالطائف سنة إحدى وثمانين، وهو يومئذ ابن خمس وستين سنة.
قال ابن جرير: جميع ولد علي أربعة عشر ذكرا، وسبع عشرة أنثى، وقال الواقدي: وإنما كان النسل من خمسة، وهم: الحسن والحسين، ومحمد بن الحنفية والعباس، وعمر.
ومنهم الفاضل المعاصر الشريف علي فكري ابن الدكتور محمد عبد الله الحسيني القاهري المولود بها سنة 1296 والمتوفى بها أيضا سنة 1372 في كتابه " أحسن القصص " (ج 3 ص 192 ط دار الكتب العلمية في بيروت) قال:
قد اختلف الناس في عدد أولاده، فمنهم من أكثر، ومنهم من أقل، ففي كتاب الأنوار لأبي القاسم إسماعيل: إن أولاده 32 اثنان وثلاثون، ستة عشر ذكرا، وست عشرة أنثى.
وفي بغية الطالب: أولاده رضي الله عنه 33 ثلاثة وثلاثون، خمسة عشر ذكرا، وثمانين عشرة أنثى بالاتفاق.
أما الذكور فهم: الحسن، والحسين، ومحسن (وأمهم فاطمة الزهراء البتول بنت الرسول صلى الله عليه وسلم) ومحمد الأكبر (أمه خولة بنت جعفر بن قيس الحنفية) - فذكر مثل ما تقدم عن " المنتظم "، وفيه: عوف مكان: عون.
ومنهم الفاضل المعاصر الدكتور محمد أسعد أطلس في " تاريخ العرب " (ج 3 ص 276 ط دار الأندلس - بيروت) قال: