وقبض ببغداد في آخر ذي القعدة سنة عشرين ومئتين، وله يومئذ خمس وعشرون سنة، وأمه أم ولد يقال لها: الخيزران وكانت من أهل بيت مارية القبطية رحمة الله عليها، ودفن ببغداد في مقابر قريش في ظهر جده موسى (عليه السلام) (1).
6 - وقال الخطيب أحمد بن علي البغدادي المتوفى سنة (463 ه‍ / 1072 م):
" قدم من مدينة رسول الله (صلى الله عليه وآله وسلم) إلى بغداد وافدا على أبي إسحاق المعتصم ومعه امرأته أم الفضل بنت المأمون، فتوفي في بغداد ودفن في مقابر قريش عند جده موسى بن جعفر، وحملت امرأته أم الفضل بنت المأمون إلى قصر المعتصم فجعلت مع الحرم.
ثم قال:... سنة عشرين ومئتين فيها توفي محمد بن علي بن موسى بن جعفر بن محمد بن علي ببغداد، وكان قدمها على أبي إسحاق من المدينة، فتوفي فيها يوم الثلاثاء لخمس ليال خلون من ذي الحجة، وركب هارون بن أبي إسحاق فصلى عليه عند منزله في رحبة أسوار بن ميمون ناحية قنطرة البردان، ثم حمل ودفن في مقابر قريش (2).
7 - قال الطبري الإمامي أبو جعفر محمد بن جرير (من أعلام القرن الخامس الهجري / الحادي عشر الميلادي):
وكان مقام أبي جعفر مع أبيه سبع سنين وأربعة أشهر ويومين، وروي سبع سنين وثلاثة أشهر. وعاش بعد أبيه ثمانية عشر سنة غير عشرين يوما وكانت سني إمامته: بقية ملك المأمون ثم ملك المعتصم ثماني سنين ثم ملك الواثق خمس سنين وثمانية أشهر واستشهد في ملك الواثق سنة عشرين ومائتين (3) من الهجرة