99 - العمد في الإمامة، ذكر السيد ابن طاووس في الطرائف عند نقله عنه أن اسمه " العمدة ".
100 - العويص في الأحكام، ابتدأ فيه بمسائل في النكاح ثم بمسائل في الطلاق والميراث والاقرار، توجد نسخ منه ويظهر من بعضها أنه مختصر من العويص.
101 - العيون والمحاسن، توجد نسخة منه في المكتبة الرضوية وغيرها 102 - الفرائض الشرعية في مسألة المواريث 103 - الفصول من العيون والمحاسن، والذي يظهر من ذكر النجاشي له مع العيون والمحاسن أنهما متعددان وهو غير الفصول للسيد المرتضى الموجود الآن.
104 - الفضائل، ذكره السروي في المعالم 105 - قضية العقل على الأفعال وسماه السروي " فيضة العقل على الأفعال " 106 - الكامل في الدين، أحال إليه نفسه في مسألة الفرق بين الشيعة والمعتزلة والفصل بين العدلية منهما والقول في اللطيف من الكلام وفي أواخر الفصول المختارة للمرتضى.
107 - كتاب في إمامة أمير المؤمنين عليه السلام من القرآن.
108 - كتاب في قوله صلى الله عليه وسلم " أنت مني بمنزلة هارون من موسى ".
109 - كتاب في قوله تعالى " فاسئلوا أهل الذكر ".
110 - كتاب في الخبر المختلق بغير أثر 111 - كتاب القول في دلائل القرآن 112 - كتاب في الغيبة 113 - كتاب في القياس 114 - كتاب في المتعة 115 - كشف الالتباس