12 - هدى العقول في شرح أحاديث الأصول في 15 مجلد حجري.
13 - مشكاة الأنوار في رجعة محمد وآله الأطهار.
د - علم الهيئة والحساب:
1 - شرح تشريح الأفلاك للبهائي في الهيئة.
2 - خلاصة الحساب.
ه‍ - علم الكلام المقارن:
1 - الشهب الثواقب لرجم شياطين النواصب، وهو الكتاب الذي بين يديك وسيأتي الحديث عنه مفردا.
2 - مفتاح الخزائن ومصباح الدفائن وهو نفسه تحفة الأخوان للرد على سائر الأديان.
3 - الرد على النصارى، صغير في مجلد، وكبير في مجلدين (1).
هذا هو الشيخ باعتبار الكم، وأما الشيخ باعتبار الكيف فإنه قد أبدع في كثير من البحوث التي طرحها، وبما أنه يتميز بفكر حر فقد مكنه من أن يناقش كل فكرة تطرح من أي مفكر أو عالم كان، ولم تأخذه حمية العصبية في شئ من ذلك، بل بمقتضى ما وهبه الله من قدرة علمية يناقش فيحل ويعقد، ويجيب نقضا وحلا ويلزم كل مفكر بما يراه من لوازم فكرته دون مواربة أو خوف من أحد إلا الله عز وجل. فقد ناقش من علمائنا المتقدمين الشيخ المفيد والسيد المرتضى والعلامة ومن المتأخرين أو المعاصرين له كالمجلسي وصدر الدين الشيرازي وصاحب القوانين والخوانساري وغيرهم.