الست بعد الأربعمائة، فيكون عمره 47 عاما، وعند وفاته حضر إلى داره الوزير أبو غالب فخر الملك، وسائر الوزراء والأعيان والاشراف والقضاة حفاة مشاة، وصلى عليه فخر الملك، ودفن في داره الكائنة في محلة الكرخ بخط مسجد الأنباريين، ولم يشهد جنازته أخوه الشريف المرتضى ولم يصل عليه، وكان هو الأولى بذلك، لولا ما كان يحمله من المودة الأخائية الخالصة، والهلع الشديد، فلم يستطع دون أن قصد تربة جده موسى بن جعفر راجلا، وركب إليه بعد ذلك فخر الملك فرده إلى بغداد آخر النهار.
وقد ذكر كثير من المؤلفين نقل جثمانه إلى كربلا بعد دفنه في داره فدفن عند أبيه الحسين بن موسى وهذا قريب إلى الاعتبار عندي، لان بني إبراهيم المجاب قطنوا حائر الحسين عليه السلام مجاورين لجدهم الأعلى (الحسين السبط)، فدفن فيه إبراهيم المذكور في موضع قريب من قبر الحسين مما يلي رأسه، واتخذوا تربته مدفنا لهم، فدفن فيه من مات من بنيه وأبنائهم، وأما من شذ منهم فقطن بغداد أو البصرة كبني موسى الأبرش، فإنه ينقل بعد موته إلى تربة جده، وقد صح أن والد الشريف نقل جثمانه إلى الحائر عندما توفي سنة 400 ولم يدفن ببغداد، ويشهد لذلك استهلال الأستاذ أبي سعيد علي بن محمد الكاتب مرثيته له بقوله:
يا برق حام على حياك وغائر * أن تستهل بغير أرض الحائر وصح أيضا نقل جثمان الشريف المرتضى إلى الحائر بعد دفنه في داره، بالرغم على قول النجاشي (توليت غسله ودفن في داره) ولا بدع لو نقل الشريف الرضي وأبناؤه إليه على عادتهم وطريقتهم هذه.