فرمود: مرا گفتار پيامبر نيرو و جرأت مىبخشد كه فرمود: اگر ابو جهل توانست مويى از سر من كم كند بدانيد من پيامبر نيستم، و من به شما مىگويم: اگر هارون مويى از سر من گرفت بدانيد من امام نيستم. " (1) مرگ هارون و درگيرى دو برادر بر سر خلافت هارون دو پسر داشت: محمد امين، عبد الله مأمون، او محمد امين را وليعهد اول و عبد الله مأمون را وليعهد دوم خود قرار داد.
در سال 193 هجرى به هارون گزارش رسيد كه انقلاب در شهرهاى خراسان بالا گرفته و فرماندهان ارتش از خاموش ساختن آن عاجز مانده اند، از اينرو هارون صلاح ديد كه شخصا به آن سامان سفر كند، وى پسرش محمد امين را در بغداد گذارد، و مأمون را كه ضمنا از طرف پدر والى خراسان بود همراه خود به خراسان برد.
هارون توانست اوضاع آشفته خراسان را آرام كند، اما ديگر نتوانست به مركز خلافت - بغداد - برگردد، و در سوم جمادى الاخرى سال 193 هجرى در طوس درگذشت.
شبى كه هارون در طوس درگذشت، مردم با پسر او محمد امين در بغداد بيعت كردند، پس از آن كه امين به خلافت رسيد مأمون را از ولايتعهدى خلع كرد و فرزند خود موسى را وليعهد نمود، مأمون نيز در مقابل امين را از خلافت خلع كرد، پس از يك سلسله درگيريهاى نظامى سر انجام امين در سال 198 كشته شد، و اختيارات كامل كشور اسلامى در دست مأمون قرار گرفت.