والإمام بعد الحسين بن علي بن أبي طالب عليهم السلام ابنه أبو محمد علي بن الحسين زين العابدين صلوات الله عليهم وكان يكنى أيضا أبا الحسن وأمه شاه زنان بنت يزدجرد بن شهريار بن كسرى ويقال إن اسمها كان شهر بانويه وكان أمير المؤمنين عليه السلام ولى حريث بن جابر الجعفي جانبا من المشرق فبعث إليه ببنتي يزدجرد بن شهريار بن كسرى فنحل ابنه الحسين عليه السلام شاه زنان فأولدها زين العابدين عليه السلام ونحل الأخرى محمد بن أبي بكر رضي الله عنه فولدت له القاسم بن محمد بن أبي بكر فهما ابنا خاله وكان مولد علي بن الحسين عليه السلام بالمدينة سنة ثمان وثلاثين من الهجرة فبقى مع جده أمير المؤمنين سنتين ومع عمه الحسن عليه السلام اثنتي عشرة سنة ومع أبيه الحسين عليه السلام ثلاثا وعشرين سنة وبعد أبيه أربعا وثلاثين سنة وتوفى بالمدينة سنة خمس وتسعين للهجرة وله يومئذ سبع وخمسون سنة وكانت إمامته عشرين سنة ودفن بالبقيع مع عمه الحسن بن علي عليهما السلام.
وثبتت له الإمامة من وجوه أحدها انه كان أفضل خلق الله بعد أبيه علما وعملا فالإمامة للأفضل دون المفضول بدلائل العقول.
ومنها أنه كان عليه السلام أولى بأبيه الحسين عليه السلام وأحقهم بمقامه من بعده بالفضل والنسب والأولى بالامام الماضي أحق بمقامه من غيره لدلالة آية ذوي الأرحام وقصة زكريا عليه السلام.
ومنها وجوب الإمامة عقلا في كل زمان وفساد دعوى كل مدع للإمامة في أيام علي بن الحسين عليهما السلام أو مدعى له سواه فثبت فيه لاستحالة خلو الزمان من الامام.
ومنها ثبوت الإمامة أيضا في العترة خاصة بالنص وبالخبر عن النبي صلى الله عليه وآله وفساد قول من ادعاها لمحمد بن الحنفية رضي الله عنه بتعريه من النص