الثناء على محمد بن إسماعيل الأمير قال أحمد بن عبد القادر العجيلي الشافعي: " وأولاد الإمام المتوكل علماء جهابذة وأبرار، أعظمهم ولده الإمام المؤيد بالله محمد بن إسماعيل، قرأ كتب الحديث وبرع فيها. كان إماما في الزهد والورع، يعتقده العامة والخاصة، ويأتونه بالنذور فيردها ويقول: إن قبولها تقرير لهم على اعتقادهم أنه من الصالحين، وهو يخاف أنه من الهالكين...
ومن أعيان آل الإمام: السيد المجتهد الشهير، المحدث الكبير السراج المنير، محمد بن إسماعيل الأمير، مسند الديار ومجدد الدين في الأقطار، صنف أكثر من مائة مؤلف، وهو لا ينسب إلى مذهب بل مذهبه الحديث... ".
وقال: " وسيدنا الإمام محمد بن إسماعيل الأمير رضي الله عنه، أخذ عن علماء الحرمين واستجاز منهم وارتبط بأسانيدهم، وقرأ على الشيخ عبد الخالق ابن الزين المزجاجي، والشيخ عليه، واستجاز منه وأسند عنه، مع تمكنه من علوم الآل وتأصله " (1).
وقال صديق حسن القنوجي: " إرشاد النقاد إلى تيسير الاجتهاد، للإمام بدر الملة المنير محمد بن إسماعيل اليمني الأمير، المتوفى سنة 1182... " (2).
كما ذكر كتبا أخرى له مع الثناء عليها وعلى مؤلفها، ووصفه بالأوصاف الجليلة.