وكان أولاده أفضل أولاد الصحابة كالحسن والحسين، وقال النبي صلى الله عليه وسلم هما سيدا شباب أهل الجنة، ثم أولاد الحسن مثل الحسن المثنى والحسن المثلث وعبد الله بن المثنى والنفس الزكية، وأولاد الحسين مثل الأئمة المشهورة وهم اثنا عشر.
وكان أبو حنيفة ومالك رحمهما الله أخذا الفقه من جعفر الصادق والباقون منهما، وكان أبو يزيد البسطامي من مشايخ الإسلام سقاء في دار جعفر الصادق، والمعروف الكرخي أسلم على يد علي الرضا وكان بواب داره، وأيضا اجتماع الأكابر من الأمة وعلمائها على شيعيته دال على أنه أفضل ولا عبرة بقول العوام.
وأما الفضائل النقلية، فما روي عن النبي صلى الله عليه وسلم.
الأولى: خبر الطير، وهو قوله صلى الله عليه وسلم اللهم ائتني بأحب خلقك إليك يأكل معي هذا الطير، فجاء علي وأكل معه.
الثانية: خبر المنزلة، وهو قوله صلى الله عليه وسلم: أنت مني بمنزلة هارون من موسى إلا أنه لا نبي بعدي، وهذا أقوى من قوله في حق أبي بكر:
والله ما طلعت شمس ولا غربت بعد النبي على أفضل من أبي بكر، لأنه إنما يدل على أن غيره ليس أفضل منه، لا على أنه أفضل من غيره.
وأيضا: يدل على أن الغير ما كان أفضل منه لا على أنه ما يكون، فجاز أن لا يكون عند ورود هذا الخبر ويكون بعده.
وأيضا: خبر المنزلة يدل على أن له مرتبة الأنبياء، لقوله صلى الله عليه وسلم إلا أنه لا نبي بعدي، وخبر أبي بكر إنما يدل على أن غيره ممن هو أدنى من مراتب الأنبياء ليس أفضل منه، لقوله صلى الله عليه وسلم بعد النبيين والمرسلين، فجاز أن يكون علي أفضل منه.