يصلي صلاة الصبح وقد استوهبه ثوبه الذي عليه ليرى آثار الجرح فلم يجد. فأرسل الخليفة إلى الإمام يسأله الركوب إليه. قالت أم الفضل: ووبخني وحلف إن شكوت زوجي إليه مرة أخرى لا يرى وجهي ما دام حيا.
واشتغل الإمام مدة بقائه في بغداد، وهي ثمان سنوات بالتدريس. ويذكر ابن خلكان: إنه كان يروي مسندا عن آبائه آل علي بن أبي طالب (رض) أنه قال: بعثني رسول الله صلى الله عليه وسلم: إلى اليمن فقال لي وهو يوصيني: يا علي ما خاب من استخار الله ولا ندم من استشار، يا علي عليك بالدلجة فإن الأرض تطوى بالليل ما لا تطوى بالنهار. يا علي اغد باسم الله فإن الله بارك في بكورها. وكان يقول:
من استفاد أخا في الله فقد استفاد بيتا في الجنة.
إلى أن قال في ص 202:
وبعد وفاة المأمون عاد الإمام محمد التقي مع أهله إلى المدينة وبقي ما يزيد على السنة حتى دعاه المعتصم الخليفة الجديد، وهو أخ المأمون، إلى بغداد، وكان ذلك في أول السنة التي مات فيها الإمام وهي سنة 220 (835) وليس هناك دليل على أن العلاقة مع الخليفة الجديد كانت غير حبية، إلا أن بعض الروايات المذكورة في الكتب التي يقرأها الشيعة تقول إنه مات مسموما سمته زوجته أم الفضل بتحريض المعتصم.
ولا تتفق هذه الروايات على تفاصيل هذه المتهمة، فيقول بعضها: إنها سمته بمنديل يتمسح به في الفراش، وتقول الروايات الأخرى: إنها أعطته عنبا مسموما، وأخرى تذكر أن المعتصم أرسل له شرابا مسموما بيد خادم، أو يقال: إنه دعاه إلى قصره ووضع له السم بالطعام. ويروي مصنف كتاب بحار الأنوار بعض الكتب المعتبرة المتقدمة لكتاب إرشاد المفيد وكشف الغمة فيقول: وقيل إنه مضى مسموما.
ولم يثبت عندي بذلك خبر فأشهد به.
قال الكليني: ودفن بمقابر قريش في ظهر جده أبي الحسن موسى بن جعفر عليهما