به هم خورد، بديهى است او به عنوان خليفه و زمامدار در فكر چاره جوئى از اين نارضايتىها و در صدد تبرئه خويش بود، اما در هر حال سر انجام كار به اينجا رسيد كه امام رضا (عليه السلام) هم پس از چندى مسموم شد.
يك شبانه روز هم قضيه را مكتوم نگاه داشتند، مأمون هم شديدا از اين جريان اظهار تأسف كرد و دستور داد با احترام تمام بدن آن حضرت را در كنار قبر هارون دفن نمايند.
آن حضرت در حدود دو سال در شهر مرو و نزديك به هفت ماه در سرخس اقامت داشت، ماه‌هاى آخر عمر را هم در سناباد طوس به سر بردند و در همانجا بود كه به شهادت رسيد.
شهادت آن حضرت را در روز آخر ماه صفر سال 203 هجرى قمرى وعمر ايشان را هنگام شهادت 54 سال و 3 ماه و 19 روز نوشته اند.
مدفن آن حضرت قبر امام (عليه السلام) در مشهد قرار دارد، در اوائل اسلام شهرى بنام " مشهد " وجود نداشت، در محل فعلى اين شهر دهكده گمنامى بود كه آن را سناباد گفته و جزء اراضى طوس بود.
هارون كه براى رفع اغتشاش و اصلاح اوضاع نواحى خراسان به ايران سفر كرده بود، و در اثناء سفر بيمار شده و از دنيا رفته بود، در قصر حميد بن قحطبه كه در اين ناحيه قرار داشت به خاك سپرده شد.
مدفن امام را هم پس از شهادت ايشان قرار شد در كنار قبر هارون قرار دهند.