أبيه عليه السلام بالعريض وحمل على رقاب الرجال إلى أبيه بالمدينة حتى دفن بالبقيع وروى أن أبا عبد الله عليه السلام جزع عليه جزعا شديدا وحزن عليه حزنا عظيما وتقدم سريره بغير حذاء ولا رداء وأمر بوضع سريره على الأرض قبل دفنه مرارا كثيرة وكان يكشف عن وجهه وينظر إليه يريد بذلك تحقيق أمر وفاته عند الظانين خلافته له من بعده وإزالة الشبهة عنهم في حياته.
ولما مات إسماعيل رحمه الله انصرف عن القول بإمامته بعد أبيه من كان يظن ذلك فيعتقده من أصحاب أبيه عليه السلام وأقام على حياته شرذمة لم تكن من خاصة أبيه ولا من الرواة عنه وكانوا من الأباعد والأطراف.
فلما مات الصادق عليه السلام انتقل فريق منهم إلى القول بإمامة موسى عليه السلام بعد أبيه وافترق الباقون فرقتين فريق منهم رجعوا عن حياة إسماعيل وقالوا بإمامة ابنه محمد بن إسماعيل لظنهم أن الإمامة كانت في أبيه وان الابن أحق بمقام الإمامة من الأخ وفريق ثبتوا على حياة إسماعيل وهم اليوم شذاذ لا يعرف اليوم منهم أحد يومى إليه وهذان الفريقان يسميان الإسماعيلية والمعروف منهم الآن يقولون إن الإمامة في إسماعيل ومن بعده في ولده وولد ولده إلى آخر الزمان.
وكان عبد الله بن جعفر أكبر أخوته بعد إسماعيل ولم تكن منزلته عند أبيه منزلة غيره من ولده في الاكرام وكان متهما بالخلاف على أبيه في الاعتقاد ويقال إنه كان يخالط الحشوية ويميل إلى المرجئة وادعى بعد أبيه الإمامة واحتج بأنه أكبر إخوته الباقين فاتبعه على قوله جماعة من أصحاب أبي عبد الله عليه السلام ثم رجع أكثرهم بعد ذلك إلى القول بإمامة أخيه موسى عليه السلام لما تبينوا ضعف دعواه وقوة أمر أبى الحسن عليه السلام ودلائل