حقه وبراهين إمامته وأقام نفر يسير منهم على أمرهم ودانوا بإمامة عبد الله وهم الفطحية وإنما لزمهم هذا اللقب لقولهم بامامة عبد الله وكان أفطح الرجلين أي عريضهما ويقال انهم إنما لقبوا بذلك لأن داعيتهم إلى امامة عبد الله كان يقال له عبد الله بن أفطح وكان إسحاق بن جعفر من أهل الفضل والصلاح والورع والاجتهاد.
وروى عنه الناس الحديث والآثار وكان ابن كاسب إذا حدث عنه يقول حدثني ثقة الرضا إسحاق بن جعفر وكان إسحاق رضي الله عنه يقول بإمامة أخيه موسى عليه السلام وروى عن أبيه النص بالإمامة على أخيه موسى عليه السلام وكان محمد بن جعفر سخيا شجاعا وكان يصوم يوما ويفطر يوما ورأى رأى الزيدية في الخروج بالسيف.
وروى عن زوجته خديجة بنت عبد الله بن الحسين انها قالت ما خرج من عندنا محمد قط في ثوب حتى يكسوه وكان يذبح في كل يوم كبشا لأضيافه.
وخرج على المأمون في سنة تسع وتسعين ومائة بمكة وتبعه الزيدية الجارودية فخرج لقتاله عيسى الجلودي ففرق جمعه وأخذه فأنفذه إلى المأمون فلما وصل إليه أكرمه المأمون وأدنى مجلسه منه ووصله وأحسن جائزته وكان مقيما معه بخراسان يركب إليه في موكب من بنى عمه وكان المأمون يحتمل منه ما لا يحتمله السلطان من رعيته.
وروى أن المأمون أنكر ركوبه إليه في جماعة من الطالبيين الذين خرجوا على المأمون في سنة المائتين فآمنهم فخرج التوقيع إليهم لا تركبوا مع محمد ابن جعفر واركبوا مع عبيد الله بن الحسين فأبوا أن يركبوا ولزموا منازلهم فخرج التوقيع أن اركبوا مع من أحببتم فكانوا يركبون مع محمد بن جعفر إذا ركب إلى المأمون وينصرفون بانصرافه.