بعد موت أبيه.. وتتلمذ على يد الامام مالك بن أنس وغيره. وإذا كان الامامان الجليلان أبو حنيفة ومالك قد تعرضا للضرب والتعذيب والسجن بسبب حبهما لآل بيت النبي من أبناء فاطمة، فإن الإمام الشافعي كاد أن يفقد حياته بسبب حبه لآل البيت وانضمامه إلى صفوف الثائرين من أبناء فاطمة.
وقد سيق الإمام الشافعي مكبلا بالحديد من صنعاء إلى بغداد ليمثل بين يدي الرشيد بتهمة مساندة أحد العلويين من أبناء فاطمة للثورة ضد حكم الرشيد.
والحق أن الإمام الشافعي تولى وظيفة قاضي في نجران فأقام العدل حتى ضاق به الوالي فأرسل الوالي للرشيد خطابا جاء فيه: (إن تسعة من العلوية تحركوا (أي ضد الرشيد)، وإن هاهنا رجلا من ولد شافع المطلبي لا أمر لي معه ولا نهي)، وأنه يعمل بلسانه ما لا يقدر عليه المقاتل بسيف. فأرسل الرشيد بإحضار أولئك النفر مكبلين بالاغلال. ونجا الشافعي بقوة حجته وبوجود الإمام محمد بن الحسن (تلميذ أبي حنيفة) في مجلس الرشيد، فذكر من فضله وعلمه حتى عفا عنه الرشيد.
وتقول بعض الروايات أن الشافعي اتهم بمناصرة العلويين وهو في الحجاز وأنهم سيقوا من مكة مغلولين إلى بغداد.
وقد اشتهر الشافعي بحبه لآل البيت حتى اتهم بالتشيع. وقد روى ابن عبد البر في الانتفاء وغيره أن الشافعي قال:
إن كان رفضا حب آل محمد فليشهد الثقلان أني رافضي والروافض غلاة الشيعة. والشافعي ليس منهم قطعا، ولكن محبته لآل محمد جعلته يقول ذلك. وهي في ديوانه هكذا:
يا راكبا قف بالمحصب من منى * واهتف بقاعد خيفها والناهض سحرا إذا فاض الحجيج إلى منى * فيضا كملتطم الفرات الفائض إن كان رفضا حب آل محمد * فليشهد الثقلان أني رافضي