والمجلسي يصرح قائلا:
(أن عثمان حذف عن هذا القرآن ثلاثة أشياء: مناقب أمير المؤمنين علي، وأهل البيت، وذم قريش والخلفاء الثلاثة مثل آية (يا ليتني لم أتخذ أبا بكر خليلا) تذكرة الأئمة المجلسي ص 9.
ويقول علي أصغر البروجردي:
(والواجب أن نعتقد أن القرآن الأصلي لم يقع فيه تغيير وتبديل مع أنه وقع التحريف والحذف في القرآن الذي ألفه بعض المنافقين والقرآن الأصلي موجود عند إمام العصر) (عقائد الشيعة ص 27 للبروجردي).
وغيرهم كثير يضيق المقام عن حصر أقوالهم.
وأما تبجحه بعدة من علمائهم أنكروا التحريف فهم أنفسهم يردون عليهم، فيقول أحد علمائهم ردا على الشريف المرتضى قوله بعدم التحريف:
(فإن الحق أحق أن يتبع، ولم يكن السيد علم الهدى - المرتضى - معصوما حتى يجب أن يطاع فلو ثبت أنه يقول بعدم النقيصة مطلقا لم يلزمنا إتباعه ولا خير فيه) (الشيعة والسنة ص 133 إحسان ظهير).
والجزائري يرد عليهم أيضا:
(نعم قد خالف فيها المرتضى، والصدوق والشيخ الطوسي، وحكموا بأن ما بين الدفتين هو المصحف المنزل لا غير ولم يقع فيه تحريف أو تبديل...
والظاهر أن هذا القول إنما صدر منهم لأجل مصالح كثيرة.. كيف وهؤلاء الأعلام رووا في مؤلفاتهم أخبارا كثيرة تشمل على وقوع تلك الأمور في القرآن، وأن الآية هكذا ثم غيرت إلى هذا) الأنوار النعمانية / الجزائري.
والخوئي في تفسيره يثبت لعلي مصحفا مغايرا لما هو موجود، وإن كان هذا المصحف لا زيادة فيه ولا نقصان، ولكنه يشرح معنى مغايرة مصحف