فصل في دفنه عليه السلام قال الشيخ الأجل الأقدم أبو محمد الحسن بن موسى النوبختي في كتاب الفرق: ولد موسى بن جعفر عليهما السلام في سنة ثمان وعشرين ومائة، وقال بعضهم:
سنة تسع، وحمله الرشيد من المدينة لعشر ليال بقين من شوال سنة تسع وسبعين ومائة، وقد قدم هارون الرشيد المدينة منصرفا من عمرة شهر رمضان، ثم شخص هارون إلى الحج وحمله معه، ثم انصرف على طريق البصرة فحبسه عند عيسى بن جعفر بن أبي جعفر المنصور، ثم أشخصه إلى بغداد فحبسه عند السندي بن شاهك، فتوفي في حبسه ببغداد لخمس ليال بقين من رجب سنة ثلاث وثمانين ومائة، وهو ابن خمس أو أربع وخمسين سنة، ودفن في مقابر قريش (1).
ويقال في رواية أخرى: أنه دفن بقيوده وأنه أوصى بذلك فكانت إمامته خمسا وثلاثين سنة وشهورا (2).
وفي الدر النظيم، ودفن ببغداد في مقابر قريش في بقعة كان قبل وفاته قد ابتاعها لنفسه (6).
وروى الشيخ الكليني عن علي بن إبراهيم عن محمد بن عيسى عن مسافر، قال: أمر أبو إبراهيم عليه السلام - حين اخرج به - أبا الحسن عليه السلام أن ينام على بابه في كل ليلة أبدا ما كان حيا إلى أن يأتيه خبره، قال: فكنا في كل ليلة نفرش لأبي الحسن عليه السلام في الدهليز، ثم يأتي بعد العشاء فينام، فإذا أصبح انصرف إلى منزله.
قال: فمكث على هذه الحال أربع سنين، فلما كانت ليلة من الليالي أبطأ عنا (4) وفرش له فلم يأت كما كان يأتي، فاستوحش العيال وذعروا، ودخلنا أمر عظيم