أما في زمن الرشيد فقد تعرض موسى بن جعفر لمراقبة من الرشيد لخوف الرشيد منه ولوصول الأخبار إليه بأن له جماعة تقول بإمامته وقد كثرت الوشايات في موسى بن جعفر حتى حبسه.
ويذكر الأصفهاني السبب الذي من أجله حبس موسى بن جعفر ويجعل للبرامكة يدا في ذلك، فيذكر أن يحيى بن خالد بن برمك استطاع أن يغري علي بن إسماعيل بن جعفر بن محمد بالأموال وكان إسماعيل هذل على صلة بموسى بن جعفر وعلى علم بأخباره فلم يزل حتى سعى بموسى عند الرشيد وأخبره أن الأموال تحمل إليه من المشرق والمغرب وأن له بيوت أموال وأنه اشترى ضيعة بثلاثين ألف دينار وسماها اليسيرة فسمع منه الرشيد ذلك ووصله (1).
ولما حج الرشيد في تلك السنة (183 ه‍) بدأ بقبر النبي فقال: يا رسول الله إني أعتذر إليك من شئ أريد أن أفعله، أريد أن أحبس موسى ابن جعفر فإنه يريد التشتيت بين أمتك وسفك دمائها (2).
ويذكر ابن طباطبا أن سبب حبس الرشيد لموسى بن جعفر أن بعض حساده من أقاربه قد وشوا به إلى الرشيد وذكروا أن الناس يحملون إلى موسى خمس أموالهم ويعتقدون إمامته وأنه عازم على الخروج فأقلق ذلك الرشيد فسجنه (3).
وهكذا عملت الوشايات عملها حتى حبس الرشيد موسى بن جعفر عند عيسى بن جعفر بن المنصور وكان على البصرة ولما لم يجد هذا حجة عليه كتب إلى الرشيد يطلب منه إخلاء سبيله (4).
أما المصادر الإمامية فتذكر أن السبب في حبس موسى بن جعفر زمن الرشيد أن الرشيد لما حج اجتمع إليه بنو هاشم وبقايا المهاجرين والأنصار