وقد ظهرت فرق عديدة دعت إلى إمامة محمد بن الحنفية دعوات مختلفة أهمها الكيسانية وسيأتي الكلام عنها في باب الدعوة العباسية.
أما الشيعة العلوية الذين قالوا بفرض الإمامة لعلي بن أبي طالب من الله ورسوله فإنهم ثبتوا على إمامته ثم إمامة الحسن من بعده ثم إمامة الحسين بعد الحسن، ثم افترقوا بعد قتل الحسن فرقا فنزلت إلى القول بإمامة علي بن الحسن (1).
النوبختي هنا يذكر الشيعة العلوية وهؤلاء يمكن أن نعتبرهم الشيعة الإمامية أو البدايات الشيعة الإمامية لأن هذا رأيهم استمر فيما بعد.
د - إمامة علي بن الحسين (زين العابدين):
فعلي بن الحسين هو الإمام بعد أبيه الحسين وأنه أوصى بالإمامة إليه. فقد ذكر الكليني عن أبي عبد الله الصادق إن الحسين لما صار إلى العراق استودع أم سلمة الكتب والوصية، فلما رجع علي بن الحسين دفعتها إليه (2).
وقد ذكر سليم أن عليا بن الحسين قد نص على إمامته من قبل النبي صلى الله عليه وآله وسلم (3).
ويفند الطوسي قول الكيسانية القائلين بإمامة محمد بن الحنفية فيقول: إن قول علي له أنت ابني حقا مع كون الحسين والحسن ابنيه فليس في ذلك ما يدل على إمامته على وجه إنما يدل على فضله ومنزلته عنده (4) فالطوسي بهذا يؤكد إمامة علي بن الحسين.
وظهرت جماعة أخرى قالت: إن الإمامة انقطعت بعد الحسين إنما كانوا ثلاثة أئمة مسمين بأسمائهم استخلفهم رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم وأوصى إليهم