كما قد أشير فيها إلى بعض اختلافات النسخ مما يدل على أنها أخذت من أكثر من نسخة منهج التحقيق 1 - وضعت بين قوسين معقوفين الإضافات التي انفردت بها بعض النسخ دون بعض.
2 - وضعت بين قوسين هلالين الألفاظ والعبارات التي اختلفت النسخ فيها فوضعت النسخة الأصح - بما أرى - في المتن بين القوسين بينما أشرت في الهامش إلى النسخة أو النسخ الأخرى المحتملة للصحة.
3 - أغفلت الإشارة إلى ما تضمنته إحدى النسخ مما لا نحتمل فيه الصحة، فكثيرا ما يسهو الناسخ ويبدل ألفاظا أو حروفا بأخرى يقطع بخطأها، فمثلا كلمة (الاستغراق) كتبت في أحد المواضع هكذا (الاستقراق)، وكلمة (منفيا) كتبت هكذا (منسفا)، وكلمة (المشتركة) كتبت هكذا (المستولد) وكلمة العبادة) كتبت هكذا (العبارة) وغير ذلك، فهذا كله لم نشر إليه لعدم الجدوى في ذلك لان الإشارة إلى النسخ انما تلزم لاحتمال أن تكون عبارة المصنف أحداهما اما الكلمة الخاطئة فلا يحتمل فيها ذلك.
كما أغفلت الإشارة إلى اختلاف النسخ في ذكر كلمة (تعالى) وحذفها فكثيرا ما توجد في نسخة دون أخرى، وكذا اختلاف النسخ في (رحمه الله) و (رضي الله عنه) و (قدس سره) فكثيرا ما توجد إحداها في نسخة وفي الأخرى غيرها وقد حدث ذلك كثيرا بعد ذكر السيد المرتضى والشيخ الطوسي و الشيخ المفيد، بينما لا يوجد أي شئ في نسخة أخرى. وكذا الاختلاف في (عليه السلام) و (صلى الله عليه وآله) فكثيرا ما اختلفت النسخ في ذلك فتجد