بعد ذكر النبي في نسخة (عليه السلام) وفي أخرى (صلى الله عليه وآله) أو انها ساقطة من النسخة الأخرى.
4 - نسخة مكتبة الحكيم قد أسقط الناسخ منها في أغلب الموارد عنوان (المسألة) و (الفرع) عند تكررهما مراعاة للاختصار أو (الفائدة) فمثلا لا يكتب (المسألة الثانية) بل (الثانية) وحدها، بينما نرى ذلك مثبتا في النسخ الأخرى وكذا قد حدث ذلك أحيانا في نسخة كاشف الغطاء، فهذا الاختلاف لم نشر إليه أيضا.
5 - ان النسخ قد حدث فيها خطأ كثير بالنسبة إلى التذكير والتأنيث لا سيما في الياء والتاء في أول الفعل المضارع، والتنكير والتعريف، وبعض الأخطاء الاعرابية أو الاملائية، فهذا كله صححناه طبقا للقواعد العربية.
6 - غيرت رسم بعض الكلمات التي جرت عادة المحدثين على كتابتها على غير صورتها عند القدماء، فعلى سبيل المثال غيرت الكلمات الآتية (ليكن، صلوته، شرايط، سايغ) إلى (لكن، صلاته، شرائط، سائغ) وهكذا.
7 - الآيات القرآنية أثبتها كما هي في المصحف، معرضا عما يوجد من من الاختلاف في النسخ، ثم إن بعض النسخ قد تورد الآية كاملة بينما تراها ناقصة في النسخة الأخرى، فعندها أثبت النسخة الأكثر اشتمالا عليها.
8 - أغفلت الإشارة إلى اختلاف النسخ في كيفية الترقيم فبعض النسخ يرقم كالآتي: (الأول، الثاني، الثالث الخ) وبعضها يرقم هكذا (أ، ب، ج) 9 - نسخة مكتبة المدرسة الفيضية لم أثبت كلما جاء فيها من اختلافات بينها وبين بقية النسخ، بل اقتصرت على المهم من موارد الاختلاف دون اليسيرة مما لا دخل لها في المعنى، ولا سيما موارد السقط فيها.