ويتكلم الطوسي عن إمامة موسى بن جعفر ويفند إمامة ما عداه ويستدل على إمامته بتواتر الشيعة بالنص عليه من أبيه، وما ورد من القول بإمامة الاثني عشر يبطل إمامة من عداه، لأن كل من قال ذلك قطع على إمامته بعد أبيه (1).
فموسى بن جعفر هو الإمام بعد أبيه لاجتماع خصال الفضل فيه ولنص أبيه عليه بالإمامة (2).
ولكن الشيعة اختلفوا في إمامة موسى بن جعفر بعد أن حسبه الرشيد ومات في الحبس سنة 183 ه‍ (3)، وشكوا في إمامته وافترقوا إلى عدة فرق قالت جميعها بأن موسى بن جعفر حي لا يموت حتى يملك الأرض شرقها وغربها ويملأها عدلا كما ملئت جورا وأنه خرج من الحبس واختفى عن السلطان وقالوا: إنه القائم المهدي واعتلوا في ذلك بروايات من أبيه أنه قال هو القائم المهدي فإن يدهده رأسه عليكم من جبل فلا تصدقوا فإنه القائم (4).
ومنهم من قال أنه قد مات وأنه القائم وإن فيه سنة من عيسى بن مريم وكذبوا من قالوا أنه رجع، ولكنه يرجع في وقت القيامة فيملأ الأرض عدلا ورووا في ذلك خبرا عن أبيه أنه قال إن ابني هذا فيه سنة من عيسى بن مريم وان ولد العباس يأخذونه فيحسبونه مرتين فيقتل في المرة الثانية فقد قتل (5).
ومن الشيعة من أنكر قتل موسى بن جعفر وقالوا: مات ورفعه الله إليه وأنه يرده عند قيامه فسموا هؤلاء جميعا الواقفة لوقوفهم على موسى