أخيه زيد بن علي بن الحسين وقول جماعة من الشيعة بإمامته لذلك وضح الصادق قول أبيه مؤكدا إمامته بعده.
ويقول المفيد في إمامة الصادق: وكان الصادق جعفر بن محمد بن علي بن الحسين من بين إخوته خليفة أبيه محمد بن علي ووصيه والقائم بالإمامة بعده (1).
ويستدل الطوسي على إمامة الصادق لكونه علما بجميع أحكام الشريعة لأنه لم يكن هناك من ادعيت له هذه الصفة، كما أن تواتر الشيعة بالنص عليه من أبيه دليلا على إمامته (2).
واختلفت الشيعة أيام جعفر بن محمد الصادق في الإمامة وتفرقوا وظهرت حركات غلو خرجت عن الخط الشيعي، فقد ظهر في أيام الصادق الكيسانية التي بإمامة محمد بن الحنفية وتطورت حتى أخرجت الإمامة من ولد علي إلى آل العباس وقد مر ذكر ذلك في باب الدعوة العباسية.
كما خرج في أيام الصادق محمد بن عبد الله النفس الزكية على المنصور سنة 1450 ه كما مر ذكره في الفصل الرابع وقتل محمد فظهرت طائفة قالت بإمامته وزعمت بأنه القائم وأنه المهدي (3).
وقد أنكر هؤلاء الذي قالوا بإمامة محمد النفس الزكية إمامة الصادق وادعت فرقة منهم أن الإمامة في المغيرة بن سعيد إلى خروج المهدي، وهو عندهم محمد النفس الزكية وقالوا بأنه حي لم يمت ولم يقتل وهؤلاء هم المغيرية (4).