ومن أبرز هذه المشاريع وأكثرها جدية، المشروع الذي طرحه آية الله خامنئي، فلاقى برودا من المراجع، ولم يمكن تطبيقه إلا على الطلبة غير الإيرانيين، مع اعتراضات منهم على المناهج، ومطالبات مستمرة أن يتركوا لهم حرية الدراسة في الحوزة.
كما طبق الجانب الإداري منه بشكل جزئي على الطلبة الإيرانيين..
وقد رافق هذا الطرح انتقادات مبالغ فيها لمناهج الحوزة، نشرت منها الصحف الإيرانية عدة مقالات، وقام الدكتور جعفر باقري المتحمس للمشروع بنشرها في كتاب، أملا أن يكون عونا لإقناع الحوزة بتطبيق مشروع آية الله خامنئي، الذي تحفظ عليه المراجع، للأسباب المتقدمة.
وقد نسب الباقري في كتابه كلاما شديدا إلى آية الله خامنئي ضد منهج الحوزة، لا نعرف مدى دقة ترجمته عن الفارسية، فرفعه بعض السلفيين النواصب قميص عثمان، باعتبار أنه إقرار من الشيعة بعدم اهتمامهم بالقرآن الكريم وعلومه!!!
مع أن القضية المطروحة بين السيد الخامنئي ومراجع الحوزة أمر آخر كليا!
وكتاب الدكتور الباقري ليس كتابا علميا بل كتاب إعلامي استعمل المبالغة مع الأسف وذم المنهج العلمي ومواد الدراسة في الحوزة العلمية لإثبات ضرورة المشروع الذي يدعو إليه!! كالذي يقول إن برنامج هذه المدرسة خراب وطلبتها فاشلون، فسلموها لي لكي أطبق فيها برنامجا يحييها!!
مع أن المؤلف والجميع يعرفون أن الحوزة العلمية الشيعية مفخرة المسلمين، في صمودها وحرصها على استقلالها عبر القرون.. وفي عمقها العلمي وتخريجها للنوابغ الأفذاذ.