وقد تمسك المراجع في عصرنا وقبله بهذا المنهج، لأنه الطريقة الحلقية الأصيلة، التي تتصل في امتدادها التاريخي الضارب إلى حلقات الدرس في مسجد النبي صلى الله عليه وآله، وحلقات الأئمة الطاهرين، وتلاميذهم..
وسلسلة السلف الصالح من علمائنا.
ولأنها تضمن حرية الطالب والأستاذ، وتؤصل في الطلبة التعمق في فهم النصوص الشرعية.. الخ.
وفي المقابل طرح عديدون من داخل الحوزات العلمية وخارجها، مشاريع في المنهج الدراسي والإدارة لتحديث الحوزة وتطويرها، وكانت كلها تواجه بالتحفظ أو الرفض من المراجع وكبار العلماء.. وأسباب ذلك عندهم:
أولا: خوفهم من مصادرة الدولة للحوزة، وتحويلها إلى كليات عادية تابعة للدولة كما حدث لحوزة الأزهر في مصر، والزيتونة في تونس، والقرويين في المغرب، حيث تم تحويلها إلى كليات باسم أصول الدين والشريعة.. الخ.
ثانيا: خوفهم من استبدال العمق العلمي الحوزوي، إلى سطحية المعاهد والكليات المنتشرة في العالم الإسلامي.
ثالثا: خوفهم من تسييس الحوزة وسيطرة الدولة عليها، أي دولة، حتى لو كانت دولة شيعية.
رابعا: يعتبر الفقهاء أن مهمة الحوزات وهدفها الأساسي هو ضمان وجود مبلغين للدين من خطباء وعلماء مناطق، ووجود مجتهدين على مستويات عالية يقومون بدور التدريس والتوجيه ويكون من بينهم مرجع التقليد أو مراجع التقليد حسب قناعة عموم الشيعة.