الجيوش إلا أن نزل حلوان فلحق به هرثمة بن أعين في جيش كثيف، وكتب إليه المأمون ان يخلى بين هرثمة وبين المسير إلى مدينة السلام ويسير هو إليها على طريق الأهواز فسار هرثمة حتى نزل ظاهر الجانب الشرقي من مدينة السلام وسار طاهر فافتتح الأهواز وواسط والمدائن واحتوى على الكوفة والبصرة ونزل بظاهر الجانب الغربي من مدينة السلام وذلك في سنة 196 فحاصرها وغادوهم القتال وراوحوهم وقد كان الحسين بن علي بن عيسى بن ماهان قدم من الرقة قبل وصول طاهر وهرثمة مدينة السلام في جيش كثيف، وكان مع عبد الملك بن صالح ابن علي بن عبد الله بن العباس، فلما مات عبد الملك سار إلى مدينة السلام لثلاث خلون من رجب من هذه السنة فخلع محمدا ودعا إلى المأمون، فاجابه الناس إلى ذلك وسجن محمدا وأمه وولده في مدينة أبى جعفر، وطلب منه الجند أرزاقهم فلم يكن عنده ما يعطيهم ومناهم قدوم هرثمة فأخرجوا محمدا بعد حبس يومين وأعادوه إلى حاله وجددوا له البيعة يوم الجمعة لست عشرة ليلة خلت من رجب من هذه السنة وجاؤوه بالحسين بن علي فصفح عنه وولاه امره ودفع إليه خاتمه فغدر وهرب يريد هرثمة فلحق فقتل على فرسخ من بغداد على طريق النهروان وأتى محمد برأسه ودخل هرثمة الجانب الشرقي وطاهر الجانب الغربي في المحرم سنة 198 وجد طاهر في القتال إلى أن استولى على أكثر الجانب الغربي وحصر محمدا بمدينة أبى جعفر المنصور.
فراسل الأمين هرثمة خفية * في المصير إليه، وكان أوثق عنده من طاهر، فتأهب هرثمة لذلك، وصار في حراقة له إلى بعض المشارع، وركب معه الأمين وعلم طاهر بذلك، فوجه بعده من خاصته، فرجموا الحرافة، ونجا محمد الأمين سباحة إلى الشط، وصار في يد بعض أصحاب طاهر، فقبض عليه، وعرف ظاهر