يقاوم وهو مكبل بالحديد حتى توفي، فجر بأقياده ودفن بها، وقيل تم ذلك بناء على وصيته حتى يبعث مخاصما.
واختلف الذين ترجموا له حول سنة وفاته، فقال بعضهم كان ذلك سنة سبع وعشرين ومائتين، وقليل: لا بل مات سنة ثمان وعشرين، وأرجح الروايات أن ذلك كان سنة تسع وعشرين ومائتين أي في خلافة الواثق.
ولقد وثق غالبية العلماء نعيما واتهموه فقط بالوهم أحيانا، لكن نفوا عنه تهمة الكذب، وعندهم كان صادقا قوي الايمان ثابت العقيدة متشددا.
لقد دفعت كراهية نعيم لأهل الرأي به إلى اختراع بعض الأحاديث، وهذا العداء واضح تماما في عدد كبير مما أودعه في كتابه الفتن، ولم يصلنا من الكتب التي صنفها نعيم في كاملا أو مختصرا أمر مهم في حد ذاته وله دلالاته (1).
لقد اعتمدت في تحقيق كتاب الفتن على مخطوطتين واحدة في المتحف البريطاني وثانية في استانبول، ونسخة استانبول أقدم تاريخا من نسخة لندن، حيث تاريخ نسخها سنة 687 ه‍ / 1288 م، بينما تاريخ نسخ مخطوطة لندن سنة 706 ه‍ / 1306، ومع هذا اعتمدت نسخة لندن أصلا للتحقيق، لوضوح خطها وحسن ضبطها، والاهم من هذا كله لايرادها أسانيد الأحاديث والآثار كاملة، ذلك أن نسخة استانبول تم فيها حذف الأسانيد وتتكون نسخة لندن من / 201 / ورقة ونسخة في سفح جبل قاسيون في دمشق،