عمه محمد بن إبراهيم، وأمره أن يعذبه حتى يستخرج الأموال التي صارت إليه، فعذب حتى مات، وكان عبد الواحد بن يحيى، المعروف بحوط، قرابة الطاهر، على خراج مصر ومعاونها، فأقره محمد بن إسحاق على جنده.
وأقام محمد بعد أبيه سنة، ثم توفي، فصير مكانه عبد الله بن إسحاق على الشرط فقط، وأشخص كتاب محمد بن إسحاق الذين كانوا كتاب أبيه إلى باب المتوكل، فضرب عماله، وأشخص علي بن عيسى كاتب إسحاق بن إبراهيم على طساسيج السواد من سر من رأى، فولاه ديوان الخراج الأعظم، فأقام عليه شهرين، ثم صرفه وولى أحمد بن محمد بن مدبر مكانه، واستصفيت أموال الحسين وإسماعيل ابنيه، وأخذ أحمد بن محمد بن مدبر عماله على طساسيج السواد، فصالحهم على أموال عظيمة، وولى أحمد بن محمد بن مدبر سبعة دواوين: ديوان الخراج، والضياع، والنفقات الخاصة، والعامة، والصدقات، والموالي، والغلمان، والجند، والشاكرية، فوفر أموالا عظيمة.
وقدم محمد بن عبد الله بن طاهر إلى بغداد من خراسان سنة 237، فصير إليه ما كان إلى إسحاق بن إبراهيم، وصيرت أعمال مصر إلى عنبسة بن إسحاق الضبي من قبل المنتصر، فلم يقم بمصر إلا شهورا حتى أناخت الروم على دمياط في خمسة وثمانين مركبا، فقتلوا خلقا من المسلمين، وأحرقوا ألفا وأربعمائة منزل، وكان رئيس القوم يقال له فطونارنس 1، وسبوا من المسلمات ألفا وثمانمائة وعشرين امرأة، ومن نساء القبط ألف امرأة، ومن اليهود مائة امرأة، وأخذ السلاح الذي كان بدمياط والسقط، وتهارب الناس، فغرق في البحر نحو ألفين، وأقاموا يومين وليلتين، ثم انصرفوا.
وسخط المتوكل على محمد بن الفضل، كاتب ديوان التوقيع، لأمر وقف عليه منه، فصير مكانه عبيد الله بن يحيى بن خاقان، ورفعه وأعلى مرتبته