وقد حبس المنصور يعقوب بن داود وذلك لأنه كان يدعو لمحمد النفس الزكية ويسعى له في البيعة وبعد مقتل محمد دعا إلى أخيه إبراهيم فلما قتل هرب يعقوب فأمر المنصور بطلبه فأخذه وحبسه، فلما جاء المهدي أطلقه (1).
وأصبح يعقوب بن داود مقربا من المهدي وكان الغالب عليه في خلافته وقد ساعده في ذلك ما يتمتع به من صفات فيذكر اليعقوبي كان يعقوب جميل المذهب ميمون النقيبة محبا للخير كثير الفضل حسن الهدى (2).
وقد تحسن حال الزيدية في أيامه نتيجة لصلة يعقوب بن داود الحسنة بالخليفة ولكونه وزيرا من الزيدية يدل على ذلك ما وراه الطبري من أن المهدي كان يبحث عن رجل من الزيدية له معرفة بآل الحسن وبعيسى بن زيد فيأتيه بأخبار آل الحسن فجئ له يعقوب بن داود فسأله المهدي عن عيسى بن زيد فزعم الناس أنه وعده الدخول بينه وبينه وكان يعقوب ينتفي من ذلك إلا أن الناس قد رموه بأن منزلة عند المهدي إنما كانت للسعاية بآل علي (3).
وارتفعت منزلة يعقوب عن المهدي حتى استوزره وفوض إليه أمر الخلافة فأرسل إلى الزيدية فأتى بهم من كل صوب وولاهم أمور الخلافة في المشرق والمغرب وكل جليل وعمل نفيس والدنيا كلها في يديه (4).
ويذكر الطبري أن الحسن بن إبراهيم بن الحسن الذي كان محبوسا مع يعقوب أيام المنصور وحينما أطلق يعقوب بقي الحسن محبوسا ففر من السجن فلما حج المهدي أتاه يعقوب بالحسن فاستأمن له فوصله المهدي وأقطعه (5).