المدرسة الكبرى أخذ الفروع والأصول عن الإمام جعفر جمع غفير من ثقات الشيعة، ورووا ذلك لمن بعدهم على سبيل التواتر القطعي. ورواه هؤلاء، لمن خلفوهم قرنا بعد قرن. فالصادق يروى علم من قبله، ويروى الأئمة من أبنائه علمه.
كما يرويه تلامذته. فهو الحلقة التي تتوسط السلسلة، أو العروة الوثقى بين كتب آبائه وبين ما كتب بعده " الإمامية ".
المصحف الخاص أو كتاب الأصول:
آلى أمير المؤمنين على نفسه بعد الفراغ من تجهيز الرسول صلى الله عليه وآله، ألا يرتدي إلا للصلاة أو يجمع القرآن. فجمعه مرتبا على حسب النزول.
وأشار إلى عامه وخاصه. ومطلقه ومقيده. ومحكمه ومتشابهه. وناسخه.
ومنسوخه. وعزائمه ورخصه. وسننه وآدابه. ونبه على أسباب النزول فيه.
ومن جلال شأن هذا الكتاب قال فيه محمد بن سيرين (لو أصبت هذا الكتاب كان فيه العلم). فهو كما يظهر من محتوياته مصحف خاص وكتاب أصول من صنع على.
والجامعة: كتاب طوله سبعون ذراعا من إملاء النبي وخط على. فيه ما يحتاجه الناس من حلال وحرام وغيره. حتى ليصل في التفصيل إلى أرش الخدش. (التعويض عنه). وقد وصفها بذلك الباقر والصادق. شهدها عندهما الثقات من أصحابهما ومنهم أبو بصير. قال الصادق (أما والله عندنا ملا نحتاج إلى أحد. والناس يحتاجون إلينا. إن عندنا الكتاب بإملاء رسول الله صلى الله عليه وسلم وخط على بيده. صحيفة طولها سبعون ذراعا. فيها كل حلال وحرام).
وقال (إن الجامعة لم تدع لأحد كلاما. فيها الحلال والحرام. إن أصحاب القياس طلبوا العلم بالقياس فلم يزدهم من الحق إلا بعدا. وإن دين الله لا يصاب بالقياس).