ذكر وفاته من إيصائه إلى خمسة: أحدهم المنصور، والباقون محمد بن سليمان والي المدينة، ووالده عبد الله وموسى وحميدة جاريته، أدل دليل على بعد نظره بتخليص وصيه الحقيقي من القتل بإشراكه في الوصية مع جماعة أحدهم فرعون بني العباس.
وروى أبو الفرج الأصبهاني بإسناده إلى الحسين بن زيد بن علي قال:
إني لواقف بين القبر والمنبر إذ رأيت بني حسن يخرج بهم من دار مروان يراد بهم الربذة، فأرسل إلي جعفر بن محمد: ما وراءك؟ قلت: رأيت بني حسن يخرج بهم في محامل فقال: اجلس، فجلست فدعا غلاما له ثم دعا ربه كثيرا ثم قال لغلامه: إذهب فإذا حملوا فائت فأخبرني. فأتاه الرسول فقال: قد أقبلوا، فقام جعفر وراء ستر شعر أبيض وإذا بعبد الله بن حسن وإبراهيم بن حسن وجميع أهلهم، كل واحد منهم في قيده، فلما نظر إليهم جعفر بن محمد هملت عيناه حتى جرت دموعه على لحيته ثم أقبل علي فقال: يا أبا عبد الله، والله لا تحفظ لله حرمة بعد هذا، والله ما وفت الأنصار لرسول الله (ص) بما أعطوه من البيعة على العقبة على أن يمنعوه وذريته بما يمنعون منه أنفسهم وذراريهم، فوالله ما وفوا له حتى خرج من بين أظهرهم.
أخبار من المنصور الدوانيقي في مطالب السؤول: حدث عبد الله بن الفضل بن الربيع عن أبيه قال: حج المنصور سنة 147 فقدم المدينة وقال للربيع ابعث إلى جعفر بن محمد من يأتينا به، قتلني الله إن لم أقتله! فتغافل الربيع عنه لينساه ثم أعاد ذكره للربيع وقال: ابعث من يأتينا به، فتغافل عنه