" جنات الخلود " أن الوفاة قد حدثت في 25 منه، وله من العمر 68 أو 65 سنة.
أقام من عمره مع جده علي بن الحسين 12 سنة ومع أبيه محمد الباقر بعد جده 19 سنة وبعد أبيه 34 سنة. وكانت السنوات الأخيرة هي مدة خلافته و إمامته، يوازيها من الحكم السياسي الأموي: بقية ملك هشام بن عبد الملك وملك الوليد بن يزيد بن عبد الملك فملك يزيد الملقب بالناقص فإبراهيم بن الوليد ومروان بن محمد الملقب بالحمار. أما في العهد العباسي فقد عاصر السفاح وقضى عشر سنين من خلافة المنصور العباسي.
كان دفنه في البقيع إلى جوار أبيه الباقر وجده زين العابدين وعمه الحسن بن علي عليهم السلام.
وكان والده محمد الباقر هو خامس الأئمة أما أمه فقريبة أو فاطمة بنت القاسم بن محمد بن أبي بكر.
وهذا معنى قول جعفر الصادق (ع) " إن أبا بكر ولدني مرتين " إذ أنه يعود بنسبه من جدته لأمه إلى أبي بكر أيضا، فجدته هي أسماء ابنة عبد الرحمن بن أبي بكر..
عرف جعفر الصادق بأبي عبد الله. وقال محمد بن طلحة بل بأبي إسماعيل وكانت له عدة ألقاب أشهرها: الصادق لصدق حديثه، وروى الصدوق أنه سمي بالصادق تمييزا له عن أخ للحسن العسكري ادعى الإمامة بغير حق ودعي كذابا.
وكان له شعراء عدة منهم السيد الحميري وأشجع السلمي والكميت وأبو هريرة والعبدي وجعفر بن عفان.