توفي في القسطنطينية في يوم الخميس سادس شهر شعبان سنة 1294 ه‍ ودفن في مقبرته الخاصة في خانقاه المرادية.
وقد اشتبه صاحب معجم المطبوعات - يوسف اليان سركيس - في لقب والده فذكر في صفحة 586 من كتابه انه خواجة إبراهيم قبلان، ونبه على وهمه ذلك في هامش إيضاح المكنون ج 2، وتبع الزركلي في الاعلام ج 3 ص 186 صاحب المعجم المشار إليه في خطأه ذلك، وتابعه في خطأ فاحش اخر وذلك في سنة وفاته، فقد ذكر صاحب المعجم انه توفي سنة 2170 ه‍ / 1853 م فحذا الزركلي حذوه في ذلك، كلاهما تابع في الخطأ لفانديك في اكتفاء القنوع ص 491 حيث ذكر وفاته في سنة 1270 ه‍ / 1853 م، كما أنه ذكر خطأ أن لقب والده خوجه كيلان، وقد سبق أن عرفت أن لقبه (خواجة كلان).
وقد صرح المؤلف نفسه بذلك في مقدمة كتابه فكان من اللازم على باحثي العصر كالزركلي وأضرابه التثبت مما يكتبون ولا يتبع بعضهم أثر بعض في الخطأ.
ومن الغريب أن يذكر المترجم له في فهرس الخزانة التيمورية ج 2 ص 336 وانه من علماء القرن الرابع عشر، مع أنه من علماء القرن الثالث عشر، حيث أن المؤلف نفسه صرح في خاتمة كتابه بتاريخ تأليفه وانه كان سنة 1291 ه‍ في أيام السلطان عبد العزيز العثماني، وذكر مترجموه انه توفي سنة 1294 ه‍، فهو لم يدرك القرن الرابع عشر، نعم طبع كتابه أول القرن الرابع عشر، فلعل مفهرس الخزانة اشتبه عليه الامر، فلاحظ.