ولد قبره ببغداد وفي رواية أبي الغنائم الحسيني عن أبي القاسم ابن خداع نسابة المصريين ابن اسماعيل بن جعفر أكبر ولد أبيه، مات بالعريض ودفن بالبقيع سنة ثمان وثلاثين ومائة قبل وفات أبيه بعشر سنة قال الحسيني قال ابن خداع في كتابه: كان موسى عليه السلام يخاف ابن اخيه محمد ابن اسماعيل ويبره، وهو لا يترك السعي به الى السلطان من بني العباس.
فمن ولد محمد بن اسماعيل على ما قرأته على والدي وشيخي أبي الحسن محمد بن محمد الائمة بمصر عليهم السلام والاقارب، وهم خلق وعدد كثير، وشاهدت منهم بالقاهرة: من تسكن النفس إليه ويتبين شاهد الحجى والفضل عليه، الشريف أبا الفضل القاسم بن هارون بن القاسم بن الامام القائم ابن الامام المهدي، وله ولد وولد الولد.
وفي تعليق أبي الغنائم الحسني البصري، قال أبو الحسن ابن الخداع حدثني سهل بن عبد الله بن داود البخاري ببغداد سنة احدى وأربعين وثلاثمائة قال كتب الي الاشناني من البصرة أن عبد الله بن محمد من ولد محمد بن اسماعيل صار الى المغرب ومات بها، وله بها ولد ومنهم النصر بن الحسين بن علي بن محمد بن جعفر بن محمد بن اسماعيل بن الصادق عليه السلام.
وقال ابن دينار الاسدي الكوفي: لم يعقب علي بن محمد بن جعفر، وفي كتاب الحسيني قال أبو القاسم الحسين ابن خداع النسابة: اغترب علي بن محمد بن جعفر هذا، ثم قدم إلى مصر سنة احدى وستين وثلاثمائة ومعه ابناء الحسين وجعفر ومع الحسين ولده، نصر (1) صغير، وإذا رآه ابن خداع وهو مصري، بطل قول ابن دينار وهو كوفي، لبعد داره.