للأبالس المسترقة، كتاب خلاص المبتدئين من حيرة المجادلين، كتاب نور اليقين وبصيرة العارفين، كتاب الفسخ على من أجاز النسخ لما تم نفعه وجمل شرعه، كتاب إزالة الران عن قلوب الاخوان، كتاب ايضاح خطأ من شنع على الشيعة في أمر القرآن، كتاب الظلامة لفاطمة عليها السلام، كتاب رسالة البشارة والنذارة والاستنفار إلى الجهاد، كتاب علم النجابة في علم الكتابة، كتاب التراقي إلى أعلى المراقي، كتاب وعظ المشترط، كتاب نثر طوبى، كتاب المسح على الخفين، مناسك الحج، كتاب مفرد في النكاح، كتاب مناسك الحج، كتاب اللطيف، كتاب اشكال جملة المواريث، كتاب فرض المسح على الرجلين، كتاب زكاة العروض، كتاب الحاسم للشيعة في نكاح المتعة، كتاب الانتصاف من ذوي الانحراف عن مذهب الاشراف في مواريث الاخلاف، كتاب نقض ما نقضه الزجاجي النيشابوري على أبي محمد الفضل بن شاذان، رحمه الله، مسألة في وجوب الغسل على المرأة إذا أنزلت ماءها في يقظة أو نوم، وله مسائل كثيرة.
وسمعت شيوخنا الثقات يقولون عنه: إنه كان يقول بالقياس، وأخبرونا جميعا بالإجازة لهم بجميع كتبه ومصنفاته ".
وقال الشيخ (602): " محمد بن أحمد بن الجنيد: يكنى أبا علي، وكان جيد التصنيف حسنه، إلا أنه كان يرى القول بالقياس، فتركت لذلك كتبه، ولم يعول عليها، وله كتب كثيرة، منها: كتاب تهذيب الشيعة لاحكام الشريعة، كبير، نحوا من عشرين مجلدا، يشتمل على عدد كتب الفقه على طريقة الفقهاء، وكتاب المختصر الأحمدي للفقه المحمدي، في الفقه مجردا، وكتاب سبيل الفلاح لأهل النجاح، وكتاب نور اليقين وبصيرة العارفين، وكتاب تبصرة العارف ونقد الزايف، وكتاب الاسفار وهو الرد على المؤبدة، وكتاب حدائق القدس في الاحكام التي اختارها لنفسه، وكتاب تنبيه الساهي بالعلم الإلهي، وكتاب استخراج المراد من مختلف الخطاب، وكتاب الشهب المحرقة للأباليس المسترقة يرد فيه على أبي