للبحث والمذاكرة، فأبى.. ".
فقد نقله المولى عبد الله الأصفهاني في " رياض العلماء " عن حسن بيگ روم لو المعاصر للشيخ علي الكركي هذا في تاريخه بالفارسية " أحسن التواريخ " ما معناه:
إن الشيخ إبراهيم القطيفي لما خاصم الشيخ علي الكركي رجع الأمير نعمة الله الحلي الذي كان من تلامذة الشيخ علي الكركي رجع عنه واتصل بالشيخ إبراهيم القطيفي مع جماعة من العلماء في ذلك العصر: كالمولى حسين الأردبيلي والمولى حسين القاضي مسافر المولى حسين وغير هم ممن كان بينهم وبين الشيخ علي كدورة، ودفع الأمير نعمة الله الحلي مع الجماعة من العلماء دفعوا الشيخ إبراهيم القطيفي على أن يباحث مع الشيخ علي الكركي في مجلس السلطان الشاه طهماسب في مسألة صلاة الجمعة، ووعده ذلك الجمع من العلماء أن يعاونوه في البحث في المجلس، وكان يعاونهم في ذلك جماعة من الأمراء أيضا، عداوة للشيخ علي (!) ولكن لم يتفق هذا المقصود ولم ينعقد ذلك أصلا (1).
وعلق السيد الأمين العاملي على هذه المواقف للفاضل القطيفي في مواجهة شيخه المحقق الكركي يقول: إن العالم إذا تورع عن جوائز الملوك وتنزه عنها وتجنب الانحياز إليهم تورعا، فلا لوم عليه ولا يقدح ذلك فيه، بل هو طريق السلامة. ولكن اللوم على القطيفي في قدحه في الشيخ وإطالته لسانه عليه مع جلالة قدره وعظم محله في العلم، وكون القطيفي ليس من رجاله، فإن من تورع عن جوائز الملوك لا يجوز له القدح فيمن يأخذها، لوجوب حمل فعله على الصحة، لا سيما إذا كان من أجلاء العلماء كالمحقق الكركي (2).
ولا شبهة في تقدم الشيخ علي عليه في العلم والتحقيق والتبحر، كما لا شك في أن الشيخ على أبعد غورا وأصح رأيا وأقوى سياسة في قبوله جائزة الشاه طهماسب ومخالطته لملوك الصفوية، وأن في رد القطيفي لجائزة الشاه لنوع جمود (3).