وبعد هجرة الشيخ الطوسي رحمه الله إلى النجف الأشرف انتظم الوضع الدراسي فيها، وتشكلت الحلقات، كما يظهر للقارئ الكريم عند مراجعته لكتاب أمالي الشيخ الطوسي الذي كان يمليه على تلامذته، حتى عصر الشيخ الجليل علي بن حمزة بن محمد بن شهريار خازن الحرم المطهر وكان ذلك سنة 572 ه.
مشائخه وأساتذته:
إن مشائخه رحمه الله في الرواية وأساتذته في القراءة كثيرون، وقد ذكرناهم في رسالتنا (حياة الشيخ الطوسي) المذكورة سابقا فارجع إليها، وهم أربعون شخصا حسب ما وصلت إليه يد التتبع.
تلامذته:
إن تلامذته من أعلام الشيعة بلغوا أكثر من ثلاثمائة مجتهد، ومن أعلام السنة ما لا يحصى كثرة، وقد صرح بذلك المجلسي (في البحار) والتستري في (المقابيس) والخوانساري في (روضات الجنات) وغيرهم من أرباب المعاجم.
ولكن من الأسف أن هذا العدد الكبير غير معروف لدى كافة الباحثين حتى بعد عصر الشيخ الطوسي بقليل.
فإن الشيخ منتجب الدين بن بابويه المتوفي سنة 585 ه على قرب عهده من الشيخ الطوسي لم يستطع الوقوف على أسمائهم كلهم فإنه لم يذكر منهم في كتابه (الفهرست) المطبوع في آخر كتاب البحار إلا بعض الأسماء.
وقد ذكرنا منهم في رسالة حياة الشيخ الطوسي المذكورة سابقا ستة وثلاثين عالما من تلامذته المعروفين ممن وصلت إليه يد التتبع فارجع إليها.
وقد ذكر بعضهم الشيخ الحر العاملي في (أمل الآمل) والأردبيلي في (جامع الرواة) والعلامة الحجة السيد محمد المهدي بحر العلوم في (الفوائد الرجالية) فراجعها ولعله يوجد غيرهم ممن لم نعرف له ذكر في المعاجم الرجالية.