أعلمه أبو مسلم بوفاة أبي العباس فقرأ كتاب أبي مسلم وبكى وجزع جزعا شديدا فعجب أبو مسلم من ذلك فقال المنصور: أتخوف شر عبد الله بن علي وشيعة علي (1).
وقد اتبع المنصور الشدة في معاملة أبناء الحسن، فكتب إلى زياد بن عبد الله يأمره بالشديد على عبد الله بن الحسن حتى يأتيه بابنه محمد (2).
وقد اتبع المنصور أساليب مختلفة للقضاء على أبناء الحسن فقد كان يدس قوما يتجرون في البلدان ويظهرون التشيع حتى أن قسما منهم اتصل بعبد الله بن الحسن وأعطاه أموالا وجعله يثق به حتى دله على مكان ابنه محمد إلا أنه أدرك ما يقصد هذا الرجل (3).
ولما حج المنصور سنة 140 ه‍ وصلته الأخبار بتحرك محمد النفس الزكية بالمدينة فطلبه فلم يظفر به، فأخذ عبد الله بن حسن وجماعة من أهل بيته فأوثقهم بالحديد وحملهم على الإبل بغير وطاء (4).
ولما حمل بنو الحسن كان محمد وإبراهيم يتصلان بأبيهما متخفين كهيئة الأعراب، ويسألانه الخروج فكان يطلب منهما التريث حتى يحين لهما ذلك إلا أنه كان يشجعهما ويقول لهما: إن منعكما أبو جعفر أن تعيشا كريمين فلا يمنعكما أن تموتا كريمين (5).
وقد بالغ المنصور في الشدة على أبناء الحسن فلم يزالوا في الحبس حتى ماتوا ( وقد قيل) انهم وجدوا مسمرين في الحيطان (6).
وكانت هذه الشدة سببا جعلت محمد النفس الزكية يستأذن أباه في الخروج قبل وقته لولا أن أباه منعه من ذلك (7).