عتبات سه گانه شيعه مانده باشد (62) بازگشت او را به بغداد در سال 652 مى توان به عنوان اولين قسمت سفر او به سامرا تصور كرد. اما به عللى نامشخص او در دار الخلافة ماند.
ظاهرا او خانه قديمى خود را نگاه داشته بود. (63) در 21 محرم 655 وى گزارش مى كند كه در خانه خود در المقتديه بوده است. (64) اين محله د ر شمال باب بدر قرار داشته و به همين دليل، اين اشاره، محتملا به همان خانه درب البدريين مى باشد. ابن طاووس در جريان سقوط بغداد به دست مغولان در آن شهر بود. او مى گويد: در همين روز است كه دولت عباسى خاتمه يافت. آن شب ترسناك بوده اما به او و خانواده‌اش صدمه‌اى نرسيده است. (65) بعد از آنكه هلاكو داخل شهر شد، گفته مى شود كه علما را در المستنصريه جمع كرد و از آنان خواست تا درباره اينكه كداميك از حاكم عادل كافر يا حاكم ظالم مسلمان افضل هستند، فتوى بدهند. در ابتدا علما از دادن جواب ابا كردند به استثناى ابن طاووس كه ضمن نوشته‌اى تأييد كرد كه حاكم كافر عادل بهتر است. شايد بدليل ترس از هلاكو و يا به احترام او، ديگران از وى تبعيت كرده و آن سند را امضاء كردند. (66) هلاكو برخورد خوبى با ابن طاووس داشت. وى در 10 صفر 656، ابن طاووس